Forskningslaboratorierne
Om Forskningslaboratorierne
Forskningslaboratorierne er en core-facilitet under IOOS, etableret i 2014. Faciliteten står til rådighed for alle forskere ved instituttet, men er også tilgængelig for forskere fra andre institutter på Aarhus Universitet samt andre universiteter, regioner, kommuner, hospitaler og erhvervslivet. Forskningssamarbejder tilskyndes, og laboratoriets medarbejdere vil være behjælpelige med at etablere kontakt til instituttets forskere.
Forskningslaboratorierne er opdelt i special-laboratorier inden for mikrobiologi, molekylærbiologi, celledyrkning, materialeforskning, histologi og 3D printning. Laboratorierne er bemandet med fem højt specialiserede laboranter/bioanalytikere, alle med mange års erfaring inden for såvel deres respektive specialer som i samarbejde med interne og eksterne forskere om planlægning og udførelse af videnskabelige arbejder.
Den daglige ledelse varetages af Lektor David Kraft, som alle interesserede er velkomne til at henvende sig til.
Kontakt
Laboratorieservices
Mikrobiologi
- Dyrkning af bakterier og svampe, risikogruppe I og II (aerobt, anaerobt, CO2, nitrogen)
- Identifikation af bakterier ved dyrkning i/på selektive medier
- Fremstilling af medier og reagenser
- Mulighed for frysetørring af bakterier samt opbevaring i -80°C fryser
- Bakteriers vækstkurver, via spektrofotometriske målinger
- Resistensbestemmelse af bakterier
- Biokemiske test af bakterier
- Biofilm-forsøg
- Patologiske "svampeskrab" ved PAS-farvning
- Vandanalyser, prøvetagning og test af vandkvalitet af dentalunits, ubehandlet og behandlet vand i huset
- Oprensning af DNA fra grampositive og gramnegative bakterier
- Bakterielle adhæsionsforsøg i flow-celler ved konfokalmikroskopi
- pH-målinger i den ekstracellulære matrix
Celledyrkning
- Celledyrkning
- ELISA
- SDS-PAGE
- Western Blot
Molekylærbiologi
- Oprensning af DNA fra grampositive og gramnegative bakterier samt svampe
- PCR
- RT-PCR
- Fluorescens-in-situ hybridisering (FISH)
Dental materialeforskning og kemisk analyse
Kemi:
- målinger af anioner såsom fosfat, klorid, nitrat, sulfat og fluorid i diverse materialer som tandpasta, spyt, læskedrikke mm.
- målinger af kationer, såsom calcium, magnesium og kalium
- målinger med ion-kromatograf og ion selektive elektroder
- pH
Dental cement:
- ISO-standardmetoder til målinger af dental cement
- afbindingstid
- filmtykkelse
- fugtighed, optagelse af fugt
- fluorid-afgivelse
- radiopacity
INSTRON® 3366 maskine til test af dentale materialer
- kompressionsstyrke af diverse dentale materialer
- strækbarhed af dentale emner
- vedhæftningsstyrke såsom dentale bånd, kroner, stifter, ortodontisk tråd mm.
Histologi
- Fremstilling af snit i hårdt og blødt væv
- Skæring af paraffinsnit i blødt eller afkalket væv (2-7 µm)
- Skæring af plasticsnit i uafkalket hårdt væv (herunder røntgen) (4-9 µm)
- Savesnit i uafkalket hårdt væv med og uden implantater (forskellige maskiner med hver deres fordel). Nedslibning (ned til 50 µm)
- Farvning af snit (rutinefarvninger, specialfarvninger)
- Statistik på måleresultater
- Tilskæring af vævsblokke
Molekylær Histologi
- Fremstilling af savesnit af ikke-indstøbte tænder
- Nedslibning af ovenstående snit (til <100 µm)
- Mikroradiografi af slebne snit
- Indstøbning og snitning plastindstøbt væv (hovedsageligt blødt eller afkalket væv) – 1-2µm eller evt. tyndere
- Røntgenoptagelser til brug for kontrol af vævets afkalkningsgrad
- Præparation til Scanning Elektronmikroskopi (SEM)
- Præparation til Transmissionselektronmikroskopi (TEM)
- Fluorescens-in-situ hybridisering (FISH)
- Immunfarvninger
3D print
- Design og print til forskning, ex Flow-celler
Mikroskopi og billedbehandling
- Lys og fluorescens-mikroskopi
- Mikroskopering af snit, histomorphometri
- Fotografering i høj kvalitet – makroskopisk, mikroskopisk
- Billedbehandling, opsætning af billeder og figurer til artikler
Andre opgaver
- Support til instituttets klinikker, ex sterile afvejninger, fortyndinger
- Varetager bortskaffelse af instituttets kemikalie- og risikoaffald
- Opsamling, håndtering og opbevaring af saliva
- Udvikling af nye metoder og optimering
- Blodprøvetagning
- Assistance ved dyreforsøg
- Databehandling i forbindelse med forsøg
- Renovering og vedligeholdelse af museumspræparater på Anatomisk museum
- Vedligeholdelse af udstyr samt administration og opdatering af arbejdspladsbrugsanvisninger for farlige stoffer og materialer anvendt af tandlæge- og tandteknikerstuderende på færdighedslaboratorierne
- Kvartalsvis kontrol af alarm- og ventilationsfunktion på stinkskabe på hele instituttet
Praktiske oplysninger
Brugerbetaling
Forskningslaboratorierne er tilgængelige for eksterne og interne projekter på følgende vilkår:
- Interne projekter IOOS
- Der betales for materialer. Det anbefales, at instituttets forskere udarbejder projektansøgninger i samarbejde med Forskningslaboratorierne, herunder udarbejdelse af budgetter for det arbejde, der ønskes udført i laboratorierne.
- Forskningssamarbejder
- Der betales for materialer. Andre omkostning afstemmes i samarbejde med instituttets involverede forskere.
- Eksterne projekter
- Pris udregnes ud fra universitetets retningslinjer.
Kontakt David Kraft for at få et prisestimat.
Booking
Hvis du er interesseret i at bruge Forskningslaboratorierne, så skriv venligst en kort beskrivelse af dit projekt samt hvilken type bistand, du har behov for. Send dette til
David Kraft: dck@dent.au.dk
Eller kontakt en medarbejder for yderligere information.
Forskningslaboratorierne sigter mod at afholde et indledende møde inden for to uger for at fastslå det præcise omfang af projektet.
Udstyrsliste
- Ion kromatograf, 761 Compact IC Metrohm
-
Materiale test udstyr, INSTRON 3366
- Autoklave, Laboklav 55MSX
- Centrifuger, Sorvall ST 8R & Eppendorf 5810
- Spectrofotometer, DeNovix DS11 & V-3000PC
- Aria MX real time PCR system
- Nucleocounter
- Tissuelyser II
- Lafbænke, Nordic Safe Esco Class II BSC
- CO2 inkubatorer, Binder & Thermo scientific Midi 40
- -80 grader fryser, Forma 900 series
- Plate reader, EL800
- Kolonitæller, Interscience Scan 100
- Inverteret Olympus mikroskop med DP72 kamera
- Edwards coating system E306A (kulcoater)
- Bio-Rad SEM coating system (sputtercoater)
Mikrotomer
- Reichert Jung polycut E (uafkalkede blokke)
- Leica RM 2255 (små uafkalkede blokke + afkalkede blokke)
- Reichert Jung 2050 - (afkalkede blokke)
- Reichert Jung ultracut E (ultramikrotom)
Save til hårdt væv/implantater
- Leiden sav - meprotech
- Exakt sav
- Leitz 1600 - indstøbt samt uindstøbt væv
Slibemaskiner
- Exakt slibemaskiner
- Struers knuth-rotor-2
Personale
Artikler
2020
Schlafer, S. & Frost Kristensen, M. (2020). Monitoring Extracellular pH in Cross-Kingdom Biofilms using Confocal Microscopy. Journal of visualized experiments : JoVE, (155). https://doi.org/10.3791/60270
2019
Kruse, C., Spin-Neto, R., Kraft, D. C. E., Væth, M. & Kirkevang, L-L. (2019). Diagnostic accuracy of cone beam computed tomography used for diagnosis of apical periodontitis using histopathology of ex-vivo human jaws as reference standard. Abstract fra 19th Biennial ESE Congress, Wien, Østrig. https://www.e-s-e.eu/our-events/past-biennial-congresses/
Pagh, S., Pertoldi, C., Petersen, H. H., Jensen, T. H., Hansen, M. S., Madsen, S., Kraft, D. C. E., Iversen, N., Roslev, P. & Chriel, M. (2019). Methods for the identification of farm escapees in feral mink (Neovison vison) populations. PLOS ONE, 14(11), [0224559]. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0224559
Bizelli-Silveira, C., Abildtrup, L. A., Spin-Neto, R., Foss, M., Søballe, K. & Kraft, D. C. E. (2019). Strontium enhances proliferation and osteogenic behavior of bone marrow stromal cells of mesenchymal and ectomesenchymal origins in vitro. Clinical and Experimental Dental Research, 5(5), 541-550. https://doi.org/10.1002/cre2.221
Dehli, J., Karlsson, C., Bizelli-Silveira, C., Jiang, X., Kraft, D. & Foss, M. (2019). E-cadherin mediated cell-biomaterial interaction reduces migration of keratinocytes in-vitro. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 180, 326-333. https://doi.org/10.1016/j.colsurfb.2019.04.010
Dige, I. & Nyvad, B. (2019). Candida species in intact in vivo biofilm from carious lesions. Archives of Oral Biology, 101, 142-146. https://doi.org/10.1016/j.archoralbio.2019.03.017
Kruse, C., Spin-Neto, R., Kraft, D. C. E., Vaeth, M. & Kirkevang, L-L. (2019). Diagnostic accuracy of cone beam computed tomography used for assessment of apical periodontitis: an ex vivo histopathological study on human cadavers. International Endodontic Journal, 52(4), 439-450. https://doi.org/10.1111/iej.13020
2018
Bizelli-Silveira, C., Pullisaar, H., Abildtrup, L. A., Andersen, O. Z., Spin-Neto, R., Foss, M. & Kraft, D. C. E. (2018). Strontium enhances proliferation and osteogenic behavior of periodontal ligament cells in vitro. Journal of Periodontal Research, 53(6), 1020-1028. https://doi.org/10.1111/jre.12601
Schlafer, S., Baelum, V. & Dige, I. (2018). Improved pH-ratiometry for the three-dimensional mapping of pH microenvironments in biofilms under flow conditions. Journal of Microbiological Methods, 152, 194-200. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2018.08.007
Schlafer, S., Garcia, J., Meyer, R. L., Vaeth, M. & Neuhaus, K. W. (2018). Effect of DNase treatment on adhesion and early biofilm formation of Enterococcus faecalis. European Endodontic Journal, 3(2), 82-86. https://doi.org/10.14744/eej.2018.55264
Garcia, J., Kamp, A. & Schlafer, S. (2018). The use of pH ratiometry to measure extracellular pH in biofilms of Candida spp. 485-485. Poster session præsenteret ved 65th Congress of the European Organisation for Caries Research, København, Danmark. https://doi.org/10.1159/000488302
Schlafer, S., Kamp, A. & Garcia, J. (2018). A confocal microscopy based method to monitor extracellular pH in fungal biofilms. FEMS Yeast Research, 18(5), [049]. https://doi.org/10.1093/femsyr/foy049
Ranjkesh, B., Isidor, F., Kraft, D. C. E. & Løvschall, H. (2018). In vitro cytotoxic evaluation of novel fast-setting calcium silicate cement compositions and dental materials using colorimetric methyl-thiazolyl-tetrazolium assay. Journal of Oral Science, 60(1), 82-88. https://doi.org/10.2334/josnusd.16-0751
Prabha, R. D., Kraft, D. C. E., Harkness, L., Melsen, B., Varma, H., Nair, P. D., Kjems, J. & Kassem, M. (2018). Bioactive Nano-fibrous Scaffold for Vascularized Craniofacial Bone Regeneration. Journal of Tissue Engineering and Regenerative Medicine, 12(3), e1537-e1548. https://doi.org/10.1002/term.2579
Hoedke, D., Enseleit, C., Gruner, D., Dommisch, H., Schlafer, S., Dige, I. & Bitter, K. (2018). Effect of photodynamic therapy in combination with various irrigation protocols on an endodontic multispecies biofilm ex vivo. International Endodontic Journal, 51(S1), e23-e34. https://doi.org/10.1111/iej.12763
2017
Bizelli Silveira, C., Pullisaar, H., Foss, M., Spin-Neto, R. & Kraft, D. C. E. (2017). Strontium enhances periodontal ligament cell growth and osteogenic behaviour in vitro. e54 - 098. Abstract fra EOS, 93rd Congress of the European Orthodontic Society, Montreux, Schweiz. http://www.eos2017.ch/
Dige, I., Spin-Neto, R. & Kraft, D. C. E. (2017). Bioimaging of teeth and their surrounding tissues and biofilm. Poster session præsenteret ved Danish Bioimaging Scientific Event, København, Danmark.
Schlafer, S., Meyer, R. L., Dige, I. & Regina, V. R. (2017). Extracellular DNA Contributes to Dental Biofilm Stability. Caries Research, 51, 436-442. https://doi.org/10.1159/000477447
Bizelli Silveira, C., Pullisaar, H., Foss, M., Spin-Neto, R. & Kraft, D. C. E. (2017). Strontium enhances periodontal ligament cell growth and osteogenic behaviour in vitro. SP55. Poster session præsenteret ved EOS, 93rd Congress of the European Orthodontic Society, Montreux, Schweiz. http://www.eos2017.ch/
2016
Jensen, J., Tvedesøe, C., Rölfing, J. H. D., Foldager, C. B., Lysdahl, H., Kraft, D. C. E., Chen, M., Baas, J., Le, D. Q. S. & Bünger, C. E. (2016). Dental pulp-derived stromal cells exhibit a higher osteogenic potency than bone marrow-derived stromal cells in vitro and in a porcine critical-size bone defect model. Sicot-J, 2, 16. https://doi.org/10.1051/sicotj/2016004
Schlafer, S. & Dige, I. (2016). Ratiometric Imaging of Extracellular pH in Dental Biofilms. Journal of Visualized Experiments, e53622. https://doi.org/10.3791/53622
2015
Prabha, R., Kraft, D. C. E., Melsen, B., Varma, H., Nair, P. D., Kjems, J. & Kassem, M. (2015). Electrospun PVA-PCL-HAB scaffold for craniofacial bone regeneration. Tissue Engineering. Part A, 21(Supplement 1), S-58. https://doi.org/10.1089/ten.tea.2015.5000.abstracts
Amin, Y. Y. I., Runager, K., Simoes, F., Celiz, A., Taresco, V., Rossi, R., Enghild, J. J., Abildtrup, L. A., Kraft, D. C. E., Sutherland, D. S., Alexander, M. R., Foss, M. & Ogaki, R. (2015). Combinatorial Biomolecular Nanopatterning for High-Throughput Screening of Stem-Cell Behavior. Advanced Materials. https://doi.org/10.1002/adma.201504995
Schlafer, S., Garcia, J., Greve, M., Raarup, M. K., Nyvad, B. & Dige, I. (2015). Microscopic monitoring of extracellular pH in dental biofilms. Abstract fra ORCA, Brussels, Belgien.
Nielsen, H. K., Garcia, J., Væth, M. & Schlafer, S. (2015). Comparison of Riboflavin and Toluidine Blue O as Photosensitizers for Photoactivated Disinfection on Endodontic and Periodontal Pathogens In Vitro. P L o S One, [10.1371/journal.pone.0140720]. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0140720
Schlafer, S., Garcia, J., Rasmussen, M. G., Raarup, M. K., Nyvad, B. & Dige, I. (2015). Ratiometric imaging of extracellular pH in bacterial biofilms with C-SNARF-4. Applied and Environmental Microbiology, 81(4), 1267-1273. https://doi.org/10.1128/AEM.02831-14
Gæstebog
Billeder
